Ay’ın Karanlık Yüzü’nde insanoğlunun yaptığı bir hata sonrası dünyanın tarihinin en büyük savaşına tanık olması anlatılıyor. Ay’a yapılan yolculuktan sonra ayda bulunan bir Decepticon’u canlandıran insanoğlu kendini yine Decepticonlar ile bir savaşın içinde bulur.