Ra'ya benzeyen bir uzaylı, orijinal Stargate görevinden bir yıl sonra, Stargate'ten çıkar, beş askeri öldürür ve bir diğerini kaçırır. Bazı eski üyelerin de dahil olduğu yeni bir ekip kurulur ve Ra'nın halâ nasıl hayatta olabileceğini bulmak için kayıp askeri aramaya giderler. Bu arada, uzaylı; Goa'uld, Sha're ve Skaara'yı kaçırır, onlara simbiyotlar yerleştirir ve onları Goa'uld konakçıları yapar.